學院溯源于1958年建校的北京市農業學校；2001年6月，北京市農業學校和北京市農業管理干部學院合并組建北京農業職業學院；2008年7月，被確定為第三批國家示范性高等職業院校建設單位。據2015年1月學校官網顯示，學院先后榮獲第二批全國文明單位和北京市職業教育先進單位；北京新型農民培養先進單位、社會力量參與社會主義新農村建設先進單位等稱號。

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